Originariamente la chiesa fu fondata nel 1181 da Bardone dei conti Fieschi, arciprete di Lavagna, dell’Ordine Benedettino. Nel corso dei secoli necessitò di molteplici ristrutturazioni finchè nel 1623 il Priore e il Maggior Consiglio ne deliberarono la demolizione e la riedificazione rispettandone le originarie dimensioni. I secoli successivi registrarono ulteriori rimaneggiamenti.

Chiesa sconsacrata dedicata a S. Francesco, venne realizzata tra il 1229 e il 1234 ma assunse le attuali forme barocche nella prima metà del 1600 ad opera dell’architetto Francesco Bianco, lo stesso che progettò Palazzo Rocca.