Il complesso della Chiesa di San Giovanni di Pré e della Commenda venne costruito a partire dal 1180 sul sito ove sorgevano l’antica Chiesa del Santo Sepolcro e l’Ospedale dei Pellegrini. Vi si stabilirono i Gerosolimitani, antica istituzione che diede vita all’Ordine dei Cavalieri di Malta, nel XV secolo. La Commenda aveva funzioni di convento e ospedale per i pellegrini e di stazione per i crociati sulla rotta da e verso la Terrasanta, durante la terza crociata in partenza da Genova alla guida del re di Francia.

Tutto il complesso conserva, ancor oggi, la severità e l’eleganza delle sue forme romaniche. La Chiesa non presenta una facciata in quanto anticamente vi si accedeva dalla Commenda. Si sviluppa su due piani con una chiesa inferiore ed una superiore ed ha un imponente campanile con tre ordini di polifore e una cuspide poligonale. Subì una prima ricostruzione nel 1508 e quindi nel 1731, quando fu invertito il senso della chiesa superiore e fu aperta al pubblico con un ingresso attraverso l’abside.
Negli anni Sessanta furono intraprese nuove opere di ripristino, soprattutto degli interni, con lo scopo di preservarne gli affreschi. Un nuovo restauro si ebbe nel 1992, in occasione della manifestazioni colombiane, durante il quale gli spazi della Commenda vennero adibiti a sede di esposizioni e mostre temporanee.
Nell’anno 2000 venne nuovamente ripristinata la Chiesa in occasione dell’Anno del Giubileo e nel 2009 vennero ultimati anche i lavori alla Commenda che oggi si presenta come un centro espositivo dove, attraverso sofisticate tecnologie multimediali, prendono vita personaggi storici che hanno animato e caratterizzato il Complesso nella storia.